Salem Express leží na poměrně rovném dně v hloubce 30 m na svém pravoboku. Levobok na zádi dosahuje do hloubky 10 m a směrem k přídi se nepatrně svažuje do 15 m. Na zádi jsou zavřená těsnící padací vrata nákladového prostoru a dva lodní šrouby . Ty byly poháněny čtyřmi osmiválcovými dieselovými motory. Při základním průzkumu vnějšku vraku jsme plavali nad levým bokem a rozbitými okny nahlíželi do jednotlivých kajut. Okna na první palubě mají čtvercový tvar. Okna na druhé palubě mají u přídě i zádě lodi tvar kulatý. Vrak je již na mnoha místech porostlý korály.

V levoboku jsou dva velké otvory, kterými se dá vplout do nákladového prostoru a otvor vedoucí do vstupní haly k jednotlivým chodbám a schodištím kajut. V této vstupní hale jsme hned první den průzkumu našli mincový automat na občerstvení. Nákladový prostor trajektu byl rozdělen na tři sekce. Hlavní centrální část je největší a má nejvyšší strop. V její příďové části je hned za vjezdem do lodi zaparkován velký tahač námořních kontejnerů a dál směrem k zádi je plný zavazadel cestujících. Kromě tašek a kufrů jsme při mapování nákladového prostoru nacházeli několik jízdních kol , televizí a dalších běžných předmětů denní potřeby, které vezli poutníci jako dary svým rodinám. Mnoho předmětů, šatů i elektrospotřebičů nebylo nikdy použito a jsou stále ještě v originálním balení. Právě z těchto předmětů, které nás v našem životě dennodenně obklopují jsme si uvědomovali, že tento vrak je jiný. Většinu vraků potopených lodí, které jsem kdy navštívil, jsem chápal jako jakousi součást historie a často výpověď o válečných konfliktech. Salem Express je příliš mladý a neštěstí příliš velké. Stávalo se nám, že jsme se při průzkumu nákladového prostoru nehybně vznášeli nad dětskými hračkami nebo nad taškami s nápisem „šťastnou cestu" a zůstávali jen se svými myšlenkami. Přibližně v polovině vzdálenosti od přídě k zádi vedou z nákladového prostoru schodiště vzhůru k jednotlivým kajutám. Na zádi je tato centrální sekce nákladového prostoru ukončena vodotěsnými padacími dveřmi, před kterými je v podlaze obrovské kolo sloužící k otáčení vozidel při výjezdu z trajektu. Postranní sekce nákladového prostoru jsou menší. Mají nižší strop a jejich šířka odpovídá zaparkovaným osobním automobilům v jedné řadě za sebou. Toyota i Nissan, které jsme objevili v levé postranní sekci nákladového prostoru byly úplně nové. Při detailnějším ohledání jsme zjistili, že Nissan Maxima má na tachometru najeto jen 150 km. V pravé postranní sekci nákladového prostoru byla o něco horší viditelnost a daleko více sedimentu. Našli jsme tam sudy s motorovým olejem a díly k motoru. Zřetelně jsme rozeznali turbínu a ojnici hřídele. Z obou postranních sekcí jsme třetí den průzkumu objevili dveře do strojoven jednotlivých motorů. Pravoboční strojovna je poměrně rozbitá, neboť právě v tomto místě byl pravobok rozpárán těsně pod čarou ponoru. Levoboční strojovna je celkem zachovalá, avšak při sebemenším pohybu se v ní víří jemný sediment. V nákladovém prostoru jsme mezi zavazadly zahlédli nástěnné hodiny , které se zastavily v okamžiku neštěstí.

Vyklápěcí příď vraku je pootevřená a pod ní jsou vodotěsná vrata. Obě kotvy jsou zataženy. Špička kýlu je mírně ohnutá vlevo, což způsobil náraz do útesu.

Na hlavní palubě směrem od přídi ke kapitánskému můstku jsou dva velké navijáky řetězů kotev a ovládací pult elektromotorů, které tyto navijáky poháněly. Kapitánský můstek se tyčí do výšky téměř 15 metrů od paluby na přídi. Okna kapitánského můstku jsou již beze skel.

Okna obou pater pod kapitánským můstkem jsou částečně zasklená a částečně rozbitá. Kapitánský můstek je poměrně zachovalý. Z jeho středu mezi pravou a levou částí řídícího pultu vedou schody dolů do místností pod můstkem a do důstojnického klubu s bílými polstrovanými křesly. Ty však díky poloze vraku leží sesypány dole na pravoboční straně. Těsně za kapitánským můstkem, který má směrem k zádi půlkruhový tvar se tyčí největší stěžeň trajektu s anténami, radarem a strážním košem .

Po obou bocích lodi vedou od tohoto místa až na záď promenádní paluby , mezi nimiž je nástavba. V té je kromě technického zázemí směrem k zádi lodní kuchyně, přípravna jídel, výdejní pult a restaurace. Kuchyně je díky poloze vraku dosti zdevastovaná. Otevřené lednice se vznáší nahoře u stropu. O hovězím mase, které bylo v lednicích, svědčí dnes už jen velké kosti ležící pod lednicemi. Kovové nádobí, které bylo zavěšené nad sporáky je stále na svém místě a v otevřené skříni jsme nalezli plastový cedník, balík mléka v prášku a plastové láhve s olejem a octem. Za přípravnou jídel je výdejový pult, ve kterém jsou srovnány tácy. Židle v restauraci jsou sesypané u dna , ale stoly jsou napevno přidělané k podlaze, takže drží na svém místě. Nohy stolů v restauraci jsou kovové. Desky stolů byly dřevěné s plastovým povrchem. Ten zůstal. Dřevo již shnilo. Střecha nad otevřenou nejvyšší palubou byla postavena z modrých vlnitých laminátových desek, které dnes leží utrhané na dně. Na dně leží i záchranné čluny, které jsou ještě částečně svázány s jeřáby, které je spouštěly na vodu. Pravoboční záchranné čluny chybí úplně.

Každý z obou motorů má svou strojovnu a tedy i svůj komín. Oba komíny jsou v horní části spojeny můstkem, z jehož středu se tyčí druhý, menší stěžeň. Na každém z komínů je z obou stran logo, které tvoří velké písmeno „S“, po obou stranách obepínané větvičkou vavřínů. „S“ neznamená Salem, jak se někteří mylně domnívají, ale Samatour Line, což je alexandrijská společnost, která trajekt jako poslední provozovala.

K obytným kajutám vedou chodby ze vstupní haly a rovněž z promenádní paluby. Podél pravoboku i levoboku jsou menší kajuty, ve kterých jsou místa jen k sezení, ale i větší kajuty s lůžkovou úpravou. Kajuty první třídy měly vlastní sociální zařízení . Další kajuty jsou uvnitř trajektu na chodbách, které spojují pravobok a levobok. Ty jsou bez oken. Jejich označení je dodnes zcela zřetelné jednak ze světelných nápisů na chodbách a schodištích, ale i přímo z čísel na dveřích. Kajuty na levoboku byly až na malé výjimky vyklizeny při záchranné akci. Dnes v nich jsou jen polstrované sedačky nebo lůžka.

Orientace ve vraku je velice obtížná. Díky tomu, že je loď otočena o 90°, jsou všechna schodiště vodorovně a naopak příčné chodby jsou svisle. Mnoho míst je navíc více či méně zavaleno a průchod složitý. Mnoho dveří a otvorů, kterými jsme se pohybovali, limitovalo množství výstroje. Kamery, fotoaparáty a dekompresní láhve jsme si skrz tato místa navzájem podávali tak, abychom prolezli, pokud možno nezvířili sediment a stále se orientovali a udrželi napnuté vodící lanko. Pokud jsme se vraceli z nitra vraku stejnou cestou, klesala viditelnost na nulu a lanka jsme se museli držet.

Některé dveře kajut jsou zcela zavřené, jiné jsou částečně otevřené nebo nárazem lodi vylomené. Po třech dnech průzkumu nám bylo jasné, že do kajut na pravoboku a hluboko uvnitř lodi se záchranáři nedostali. Průzkum těchto kajut byl velice pečlivě plánován jak po stránce bezpečnosti, tak i s ohledem na zachování piety. Tato místa dokumentoval pouze průzkumný tým. V těchto vnitřních kajutách spočinou tělesné pozůstatky cestujících i se vším, co měli s sebou, dokud si moře vrak nevezme úplně.